08 微生物的分类和鉴定.ppt

第1页：第九章 微生物的分类和鉴定

第九章 微生物的分类和鉴定（Chapter 9 Classification and identification of microbes）。

第2页：分类学的定义与任务

微生物分类学

按微生物的亲缘把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群的科学

• 任务：分类、鉴定、命名

第3页：通用分类单元

种以上的系统分类单元：

• 界 Kingdom

• 门 Phylum（或Division）——亚门

• 纲 Class——亚纲——超目

• 目 Order——亚目

• 科 Family——亚科——族——亚族

• 属 Genus

• 种 Species

第4页：种的概念

种

一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称

模式种

在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本

新种

sp. nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp. nov.的符号

新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。

第5页：微生物的命名

命名

菌种的科学名称，是按照《国际细菌命名法规》命名、国际学术界公认并通用的名称

命名原则：学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名定名人和现名定名年份。

• 属名应大写首字母、单数，可以由组合词构成

• 种的加词代表一个种的次要特征，首字小写

第6页：俗名、学名与双名法

微生物的名字有俗名和学名两种，如红色面包霉——粗糙脉孢霉，绿脓杆菌——铜绿假单胞菌。

学名

微生物的科学名称，按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名，由拉丁词或拉丁化的外来词组成

双名法：学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份，其中属名与种名斜体表示，定名人及年份可省略。

属名

拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征

种名

拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如色素、形状、来源或科学家姓名等

第7页：学名的实例

• 大肠埃希氏杆菌 Escherichia coli（Migula）Castellani et Chalmers 1919

• 金黄色葡萄球菌 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884

当泛指某一属微生物而不特指某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.，例如Saccharomyces sp.表示酵母菌属中的一个种。

第8页：菌株名称与三名法

菌株名称——在种名后面自行加上数字、地名或符号等：

• Bacillus subtilis AS1.389（AS=Academia Sinica）

• Bacillus subtilis BF7658（BF=北纺）

• Clostridium acetobutylicum ATCC824（ATCC=American Type Culture Collection，美国模式菌种保藏中心）

文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母，如Escherichia coli可缩写成E. coli。

三名法

用于对亚种的命名，在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）；如Bacillus thuringiensis subsp. galleria（苏云金芽孢杆菌腊螟亚种）

第9页：亚种以下的分类单元

亚种（subspecies）

种的进一步细分，一般指其某一明显而稳定的特征与模式种不同的种

变种（variety）

容易引起混乱的分类单元

型（form）

使用中用型作为后缀，表示细菌菌株，现已作废

类群（group）

没有分类地位，非正式地指定一组具有某些共同性状的生物

菌株（strain）

表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代，实际上是一个微生物达到遗传性纯的标志

第10页：生物的界级分类学说

生物的界级分类学说

在认识发展过程中存在的对生物分类的不同阶段的不同观点

• 二界系统、三界系统、四界系统、五界系统、六界系统和三原界系统

三原界系统是1978年由R. H. Whittaker和L. Margulis提出的：所有生物存在一个共同祖先，由它分三条进化路线，形成三个原界——古细菌原界（Archaebacter）、真细菌原界、真核生物原界；并提出内共生学说，主要是Margulis的贡献。

第11页：三原界系统示意图

三原界系统示意图：本页图示由共同祖先分出的古细菌原界、真细菌原界与真核生物原界三条进化路线。

第12页：各大类微生物的分类系统纲要

• 原核生物分类系统纲要——《伯杰氏系统细菌学手册》

• 真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混乱，近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要

第13页：微生物分类鉴定的方法

主要步骤：纯化、测定一系列必要的指标、查找权威性鉴定手册。

• 细胞的形态和习性：形态特征、运动、酶反应、营养要求及生长条件等

• 细胞组分水平：细胞壁成分、氨基酸库、脂类、醌类、光合色素等的分析

• 蛋白质水平：氨基酸序列分析、凝胶电泳和血清学反应等

• 基因或DNA水平：核酸分子杂交、（G+C）mol%、转化和转导、16S rRNA寡核苷酸序列分析、DNA或RNA核苷酸序列分析等

第14页：数值分类法

数值分类法

即统计分类法，在M. Adanson（1727~1806，法国植物学家）发表的分类原理基础上结合现代计算机技术发展而来

数值分类法（定义）

通过广泛比较分类单位的性状特征，然后计算它们之间的相似性，再根据相似性的数值划分类群的一种分类方法

第15页：数值分类法的主要观点

• 在一个分类群中，所含信息量越大，即分类所依据的性状越多，其分类效果也越好

• 顺序建立自然分类单元时，每个性状都是等权的

• 任何两分类实体间的整体相似性，都是由每一对的相似性计算而来的；能够由类群间相似性的差异识别不同的分类实体

• 如果给予有关进化途径和机制的某些假定，可以从组群的分类学结构或从性状相关上作出种系发生的推论

• 分类学应作为一门经验科学来看待和实践

• 数值分类学是以表象相似性为基础的

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