第1页：第七章 原核生物基因表达调控 概述
第七章 原核生物基因表达调控 概述
- 原核生物和真核生物都能够根据周围环境(如温度、营养成分等)的变化，改变自己的代谢方式。而代谢方式的变化通常可以通过对基因表达过程的调控得以实现。
- 机体可以在基因表达过程的任何阶段进行调控，一般以转录水平上的调控为主。
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第4页：第一节基因表达调控的基本概念1
第一节基因表达调控的基本概念1
.反式作用因子与顺式作用元件
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第6页：顺式作用元件（cis-acting fact
- 顺式作用元件（cis-acting factor）
- 是指对基因表达有调节活性的DNA序列，其活性只影响与其自身同处在一个DNA分子上的基因。顺式作用元件通常不编码蛋白质，多位于基因旁侧或内含子中。
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顺式作用（cis-acting）
的概念用于任一不转变为任何其他形式的DNA序列，它只在原位发挥DNA序列的作用，仅影响与其物理上相连的DNA序列的活性。
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第10页：2.结构基因和调节基因
2.结构基因和调节基因
- 结构基因（structural gene）是编码蛋白质或RNA的任何基因。结构基因编码大量的功能各异的蛋白质，如组成细胞和组织的结构蛋白和酶等。
- 调节基因（regulator gene）仅指参与其他基因表达调控的RNA和蛋白质的编码基因。调节基因编码的调节物通过与DNA上的特定位点结合而控制受调节基因的转录是基因表达调控的关键。
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第12页：3.启动子和终止子
- 3.启动子和终止子
- 位于转录单位开始和结束位置上的DNA序列，称为启动子（promoter）和终止子（terminator）。两者都是典型的顺式作用元件，能受同一类反式作用因子RNA聚合酶的识别。
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第15页：4.操纵基因和阻抑蛋白
4.操纵基因和阻抑蛋白
- 操纵基因（operator）是与启动子相邻的顺式作用位点，是阻抑蛋白的靶点。阻抑蛋白（repressor）是调节基因的产物，与操纵基因的结合可以阻止受调节基因的表达。
- 当阻抑蛋白与操纵基因结合时，就会阻止RNA聚合酶启动转录，基因的表达就被关闭。在无阻抑蛋白时，RNA聚合酶可以识别受调节基因的启动子，使这种基因得到表达。
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第17页：5.转录因子
5.转录因子
- 转录因子（transcription factor）是转录起始过程中RNA聚合酶所需要的辅助因子。转录因子是参与正调控的反式作用因子，在无转录因子时，RNA聚合酶不能起始转录。
- 转录因子通常识别位于基因上游启动子附近的顺式作用元件。
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第20页：第二节转录水平的调控－操纵子
第二节转录水平的调控－操纵子
- 原核生物的基因调控可以发生在转录和翻译等不同阶段，但也是以转录水平为主。
- 原核生物许多功能相关的结构基因，特别是编码同一代谢途径的酶的基因，一般成簇排列，能受单一启动子的共同控制，结果是整簇基因或者都表达或者都不表达。
第21页：1961年
1961年
Jacob和Monod提出了细菌基因表达调控的模型——操纵子学说，解释了原核生物的基因表达在转录水平上是如何调控的。
第22页：操纵基因
操纵基因
是位于操纵子前端部分的顺式控制元件，它能和阻抑蛋白结合，控制结构基因的转录。阻抑蛋白是调节基因的表达产物，是参与操纵子调节的反式作用因子。
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第25页：一、乳糖操纵子的结构
一、乳糖操纵子的结构
乳糖操纵子（lactose operon，lac）的三个结构基因成簇排列，编码参与β-半乳糖苷（如乳糖）分解代谢所需的三种蛋白质：lacZ编码β-半乳糖苷酶，lacY编码β-半乳糖苷透性酶，lacA编码β-半乳糖苷转乙酰基酶。
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第27页：lacI基因（调节基因）正好
lacI基因（调节基因）正好
与结构基因相邻，但它不与结构基因属于同一转录单位，它有自己独立的转录单位，含有自己的启动子和终止子。
第28页：lacI基因的表达产物
- lacI基因的表达产物
- 称为乳糖操纵子阻抑蛋白（lac repressor）。它的功能是阻止结构基因的表达。因此，乳糖操纵子的调控属于负调控。
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第32页：二、色氨酸操纵子
二、色氨酸操纵子
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第34页：Trp操纵基因序列长21bp
Trp操纵基因序列长21bp
是trp阻抑蛋白的作用位点。
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第36页：色氨酸操纵子的阻抑蛋白
色氨酸操纵子的阻抑蛋白
通过结合多个操纵基因，控制散在分布的、三套不相连的结构基因。
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第二套
是aroH基因，aroH基因编码在芳香族氨基酸生物合成共同通路中催化起始反应的三种酶中的一种。
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第39页：细菌应答某种特定物质出现而合成特定酶
- 细菌应答某种特定物质出现而合成特定酶
- 的过程，称为诱导作用（induction）。大肠杆菌乳糖操纵子是这种机制最好的范例。
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第45页：异丙基硫代-β-D-糖苷（IPTG）虽然不能
异丙基硫代-β-D-糖苷（IPTG）虽然不能被β-半乳糖苷酶分解
但它是乳糖操纵子非常有效的诱导物。
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第47页：细菌快速应答环境营养成分
细菌快速应答环境营养成分
的变化的能力不仅表现在分解新底物方面，而且也用来关闭突然在培养基中的化合物的内源性合成，这种效应就是所谓的阻抑作用（repression）。大肠杆菌色氨酸操纵子即是阻抑作用的例子。
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第49页：诱导作用和阻抑作用都能
诱导作用和阻抑作用都能
对细菌的代谢能力进行调控。前者调节细菌使用某种物质的能力，后者调节合成特定代谢中间产物的能力。每种调节的诱发剂都是小分子物质，或为酶的底物，或为酶所催化合成的产物。
第50页：四、阻抑蛋白的作用机制
四、阻抑蛋白的作用机制
1.阻抑蛋白及其靶DNA序列的对称性
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第52页：2.阻抑蛋白结构与功能的关系
2.阻抑蛋白结构与功能的关系
- 乳糖操纵子的阻抑蛋白为两个二聚体结合在一起形成的四聚体结构。四个亚基的螺旋连在一起，维持四聚体结构。
- 每个二聚体都有两个头段，两个头段在一起结合一个操纵基因序列。这使整个阻抑蛋白能够同时结合操纵基因的两个位点。
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第57页：完整的四聚体阻抑蛋白能够同时
完整的四聚体阻抑蛋白能够同时
与操纵基因结合，亲和力较不完整的阻抑蛋白高很多。
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第60页：3.阻抑蛋白对RNA聚合酶功能的影响
3.阻抑蛋白对RNA聚合酶功能的影响
- 阻抑蛋白和RNA聚合酶可同时与DNA结合，而且阻抑蛋白与DNA的结合能够增强RNA聚合酶结合DNA的能力，但是结合着的RNA聚合酶不能起始转录。
- 加入诱导物以后，释放出阻抑蛋白，被关闭的复合物转变为开放的复合物，起始转录。
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第62页：五、cAMP对操纵子转录的激活作用
五、cAMP对操纵子转录的激活作用
- 细菌在富含葡萄糖的培养基上生长的时候，葡萄糖可以抑制β-半乳糖苷酶表达的一个很重要的因素是葡萄糖降低了细菌体内cAMP的水平。
- 生化和遗传学实验证明，cAMP可以结合到启动子的某个部位而激活操纵子的转录。
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第64页：在细菌中
在细菌中
cAMP与CAP（cataboliteactivator protein，CAP）二聚体结合形成二元复合物共同发挥作用。只有cAMP存在时，CAP才有活性。
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第69页：CAP激活转录有两种方式
CAP激活转录有两种方式
- 第一种方式是直接作用于RNA聚合酶。CAP直接作用于RNA聚合酶的α亚基，而且CAP必须与RNA聚合酶在同一个面上才有活性。
- 另一种是作用于DNA改变其结构，以协助RNA聚合酶的结合。在CAP-DNA复合物中，DNA呈弯曲状态，弯曲点位于二重对称的中心。CAP结合以后，DNA双螺旋结构有很大的变化。
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第72页：第三节转录后加工的调控
第三节转录后加工的调控
- 一、经mRNA切割进行的调控
- 细菌mRNA大多是多顺反子，几乎都以转录出的最初形式进行翻译，而无需切割成单个基因的mRNA。
- T7噬菌体的早期和晚期基因转录成多顺反子mRNA，然后在几个切点切割释放出各个基因的mRNA。
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第75页：二、细菌rRNA前体切割形成rRNA
二、细菌rRNA前体切割形成rRNA
- 大肠杆菌有7个操纵子编码rRNA，这7个操纵子被命名为rrnA～G。所有rrn操纵子的组织结构相同，都含有三种rRNA分子，顺序为16S～23S～5S。
- 每一个操纵子都被转录成一个RNA前体，然后切割形成成熟的rRNA分子。
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第77页：第四节翻译水平的调控一
第四节翻译水平的调控一
翻译过程中的自体调控1.阻抑蛋白对翻译起始的调控阻抑蛋白通过与mRNA的特定区域结合，抑制核糖体对翻译起始区的识别。这种调控最常见的形式是，调控蛋白与含有起始密码子AUG的序列直接结合，从而阻止核糖体的结合。
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第79页：2. mRNA二级结构对翻译的调控
2. mRNA二级结构对翻译的调控
- 翻译一个顺反子需要二级结构的改变。
- mRNA上有多个核糖体存在时，第一个顺反子的翻译会破坏mRNA原有的二级结构，使核糖体能够与下一个顺反子的翻译起始区域结合。
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第82页：3.基因表达装置蛋白质合成的自体调控
3.基因表达装置蛋白质合成的自体调控
- 细菌编码核糖体蛋白质、蛋白质合成因子和RNA聚合酶亚基等蛋白质的基因混合组成几个操纵子。每个操纵子都含有数个基因。这些操纵子的表达都受操纵子自身的一些基因产物的调控。
- 操纵子自身编码的蛋白质的富集会抑制其自身及一些相关基因产物的进一步合成。一种蛋白质或RNA调控其自身的表达，即为自体调控。
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第87页：二、弱化作用
二、弱化作用
- 弱化作用（attennuation）是Charles Yanofsky等在研究色氨酸操纵子的过程中发现的一种新的基因表达调控方式。
- 弱化作用是翻译过程控制RNA聚合酶通读弱化子能力的一种调控机制。
第88页：Yanofsky等发现
Yanofsky等发现
在缺失了启动子和trpE基因（编码色氨酸操纵子的第一个酶）之间序列的突变体中，trpmRNA的水平有所增加。
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第91页：随后的研究发现
随后的研究发现
当大肠杆菌体内色氨酸的含量较高时，非突变体产生了一个仅含有130个核苷酸leader的转录物。而在色氨酸缺乏时，菌体则会包含整个leader序列的由7000个核苷酸组成的trpmRNA。
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第94页：弱化子转录终止
弱化子转录终止
对色氨酸含量做出应答的机制可能和前导序列（leader sequence）有关。前导序列含有一个核糖体结合位点，其AUG密码子后有一短的编码序列，它含有两个连续的色氨酸密码子。
第95页：细胞中有色氨酸存在时
细胞中有色氨酸存在时
核糖体顺利地译出整个前导肽而在终止密码子UGA处停下来。终止子发夹结构能够形成，实现了转录的终止。
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第103页：弱化作用的特点
弱化作用的特点
是外部事件控制内部终止所需要的发夹结构的形成。另外很重要的一个方面是转录和翻译过程是前后相连（closely coupled）的。
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第105页：三、小RNA分子调节翻译
三、小RNA分子调节翻译
- RNA也可以作为反式作用调节因子参与基因表达的调控。
- RNA调节物的靶分子为单链核酸序列。RNA调节物与目标分子互补，形成双链区，通过改变靶分子的二级结构来控制靶分子的活性。
第106页：RNA调节物与阻抑操纵子的蛋白质的不同点
RNA调节物与阻抑操纵子的蛋白质的不同点
是RNA没有变构的性质，不能受其他小分子影响而改变识别靶分子的能力。它的调节作用随着其产生而产生，随着其消失而失去。
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