第1页：发酵原理和代谢工程的基本概念封面
发酵原理和代谢工程的基本概念：张星元《发酵原理》课外讲座之一，系统介绍微生物细胞能量代谢、代谢网络、代谢流与细胞经济等基本概念。
第2页：二十六个基本概念目录（一）
介绍26个基本概念
- 微生物细胞能为其自身提供代谢能
- 细胞能量转换机构的组成
- 微生物代谢中的电子流和电子回路
- 生物氧化和辅酶的再生
- 生化反应途径和代谢途径
- 生化反应网络和代谢网络
- 代谢网络的联网问题
- 代谢流和碳架物质流
- 代谢主流
第3页：二十六个基本概念目录（二）
基本概念（续）
- 载流途径与载流路径
- 代谢主流的变动性和选择性
- 理想载流途径
- 微生物生物工程的难题
- 代谢网络的节点及其刚性
- 工业发酵的五字策略
- 代谢网络的刚性
- 代谢网络的刚性
- 微生物活细胞和细胞的经济性
第4页：二十六个基本概念目录（三）
基本概念（续）
- 正常代谢和竞争型细胞经济
- 异常代谢和导向型细胞经济
- 细胞经济受到严格的制约
- 信息流指导下的工业发酵
- 限制性遗传信息之谜
- 从发酵工程到代谢工程
- 代谢工程（定义）
- 代谢流及其控制的分析
另介绍两个网址。
第5页：微生物细胞能为其自身提供代谢能
- 1. 微生物细胞能为其自身提供代谢能
- 微生物细胞的生存方式与动植物细胞不同，能独立存在、自主生活。每个微生物细胞都具有能量转换机构，可把其他形式的能量转换成能被其自身直接使用的能量（如ATP、GTP和储存在膜上的质子运动势ΔP），暂称为代谢能。在代谢能的直接支撑下，活细胞才能维持其高度有序的状态。
第6页：细胞能量转换机构的组成
- 2. 细胞能量转换机构的组成
- 包括需要代谢能来激活的代谢途径的有关酶和这些酶的辅酶；原核微生物的细胞质膜和真核微生物线粒体的内膜；这些膜上的电子传递链和ATP酶；以及在能量代谢和主动输送中起辅助作用的有关载体系统。
第7页：微生物代谢的电子流和电子回路
- 3. 微生物细胞代谢的电子流和电子回路
- 工业发酵普遍使用的化能异养型微生物靠生物氧化把化学能转化为可被直接利用的代谢能。生物氧化过程必须借助辅酶，并且生物氧化过程和跨膜的主动输送过程伴随着电子（或质子）的流动，形成微生物代谢的跨膜的质子回路。
第8页：跨膜质子回路示意图
本页为跨膜质子回路示意图：膜上排列呼吸链与ATP酶，质子在膜两侧定向流动，ATP酶利用质子运动势合成ATP，构成微生物代谢的电子回路。
原课件以图示呈现，文字版仅保留结构说明，建议对照原图理解。
第9页：生物氧化和辅酶的再生
- 4. 生物氧化和辅酶的再生
- 参与生物氧化反应的脱氢酶的辅酶本身不能跨过膜，被局限在其所在的细胞空间内，必须被再生才能回用，以维持能量代谢。还原型辅酶把电子释放给电子受体，实现辅酶再生。
根据最终电子受体的类型，可把生物氧化分成有氧呼吸、无氧呼吸和发酵三种类型。
第10页：生化反应途径和代谢途径
- 5. 生化反应途径和代谢途径
- 一系列按序进行的生物化学反应构成生化反应途径；若这条途径在活细胞里运行，则为代谢途径。
本页给出生化反应途径与代谢途径的判据：按序进行的生化反应在活细胞中运行即为代谢途径。
第11页：生化反应网络和代谢网络
- 6. 生化反应网络和代谢网络
- 生化反应途径按生物化学规律汇成生化反应网络；代谢途径与跨膜输送系统按代谢规律汇成（物质）代谢网络。
第12页：代谢网络的联网问题
- 7. 代谢网络的联网问题
- 代谢中间化合物都在代谢网络上，有些有机化合物虽不在代谢网络上仍可能与代谢网络「联网」。所谓联网就是用化学或生物化学反应把指定的化合物连接到代谢网络上去，从而使它与微生物的代谢建立联系。
联网可用化学或生物学方法（含DNA重组技术）实现。广义的联网包含代谢网络细节不同的生命有机体之间接力赛式的代谢联系。已在网上或者可以联网的化合物都可能被开发为工业发酵的产物或原料。
第13页：代谢流和碳架物质流
- 8. 代谢流和碳架物质流
- 代谢物在代谢网络中流动形成代谢流。广义的代谢流还包括能量流和信息流。在代谢分析和代谢工程中，代谢流往往首先是指有机物流（碳架物质流）。
第14页：代谢主流
- 9. 代谢主流
- 在一定的培养条件下，代谢物在代谢网络中流动，流量相对集中的代谢流叫做该培养条件下的代谢主流。代谢主流的流量测定是代谢工程的重要组成部分。
第15页：载流途径与载流路径
- 10. 载流途径与载流路径
- 有代谢物流通过的代谢途径即载流途径。载流路径是工业发酵领域的术语：在目的产物生产阶段，碳架物质从原料到目的产物流经的各段代谢途径（载流途径）按流经先后次序首尾衔接，组合成载流路径。
代谢工程没有必要研究所有的载流途径，但必须研究载流路径上的代谢流，也就是生产阶段的代谢主流。
第16页：代谢主流的变动性和选择性
- 11. 代谢主流的变动性和选择性
- 微生物的代谢主流的方向、流量甚至所流经的途径都可能发生变化，这就是代谢主流的变动性和代谢主流对代谢网络中途径的选择性。这种变动和选择的根据在微生物细胞的遗传物质，选择的原因是微生物所处的环境条件的变化。
第17页：理想载流路径
- 12. 理想载流路径
- 为了提高产物对原料的转化率，就要求代谢主流（根据代谢分析的结果）经设定的载流路径流到目的产物。因为这样的载流路径是带有主观导向性的虚拟的载流途径，所以把它们叫做理想载流路径。
第18页：微生物生物工程的难题
- 13. 微生物生物工程的难题
- 既然微生物的代谢主流对网络中的途径有自主的选择性，而工业发酵的目标又是要微生物的代谢主流经理想载流途径流到目的产物，因此有必要解决理想载流途径的设计问题和对代谢主流的合理导向问题。
第19页：代谢的五段式
14. 代谢的五段式
在工业发酵生产中，培养器中的微生物细胞的代谢是分步进行的。胞外营养物质（一般要经胞外酶降解后）从培养介质跨膜进入细胞，（一般要）经过向心途径、中心途径和离心途径等三段连续的代谢途径的代谢，才能在胞内生成目的产物，最后目的产物跨过细胞质膜排出细胞回到培养介质。
第20页：载流途径与代谢主流的五段式
因此，典型的理想载流途径应该由以上五段承担不同代谢分工的依次衔接的代谢途径组成，这就是载流途径的五段式。
在这条载流途径上流动的代谢主流对应地也有五段，这就是代谢主流的五段式。
第21页：工业发酵的五字策略
15. 工业发酵的五字策略
在「载流路径」「代谢主流」和「五段式」等概念的基础上，从统筹的角度出发，提出能作为一个整体用于设计育种以及发酵工艺控制的五字策略：进、通、节、堵、出。
第22页：五字策略的具体含义
- 进：促进细胞对碳源营养物质的吸收
- 通：使来自上游和各个注入分支的碳架物质能畅通地流向目的产物
- 节：阻塞与目的产物形成无关或关系不大的代谢支流，使碳架物质相对集中地流向目的产物
- 堵：消除或削弱目的产物进一步代谢的途径
- 出：促进目的产物向胞外空间分泌
第23页：代谢网络的节点及其刚性
- 16. 代谢网络的节点及其刚性
- 微生物代谢网络中的途径的交叉点（代谢流的集散处）叫做节点（node）；微生物自动抵制节点处代谢物流量分配比率改变的特性叫做节点的刚性。
节点的刚性取决于微生物代谢的自动调节机制。因此在应用五字策略制订育种方案时必须认真考虑节点刚性问题，尽量采用解除调节的育种手段。
第24页：代谢网络的刚性
- 17. 代谢网络的刚性
- 微生物自动抵制代谢网络中代谢物流量分布改变的特性叫做代谢网络的刚性。代谢网络的刚性与主要刚性节点的刚性大小、分布及数量密切相关。
第25页：微生物活细胞及其经济性
18. 微生物活细胞及其经济性
微生物活细胞是个远离平衡状态的开放体系，是一种靠消耗能量而维持低熵的稳定动态的特殊结构——耗散结构。
第26页：细胞经济性的衡量
从微生物细胞对能量和化学物质的内外交换、增收节支、协调自律等客观规律出发，把微生物细胞作为按特殊的经济规律运行的经济实体来看待，并把这种有利于生存竞争（生存保障）的新陈代谢特性叫做细胞经济性。
细胞的经济性可以以生成细胞的重量与消耗基质的重量之比值——细胞经济系数来衡量。
第27页：正常代谢和竞争型细胞经济
- 19. 正常代谢和竞争型细胞经济
- 微生物在生存竞争中进化的方向是发展自身的适应能力和提高细胞运行的经济系数。经生存竞争而幸存下来的野生型微生物在其所栖身的环境中富有竞争能力，其代谢中间物在代谢网络中的分布及细胞经济运行状况有利于细胞生长、繁殖和在竞争中获胜。
在上述条件下，细胞处于正常代谢状态，细胞经济体系呈现竞争型细胞经济的特色。
第28页：异常代谢和导向型细胞经济
- 20. 异常代谢和导向型细胞经济
- 如果工业生产要求微生物在胞外累积某种代谢中间产物，则须对微生物的代谢流进行导向。根据已获得的代谢分析信息，应用五字策略有可能设计理想载流途径和配套的发酵培养工艺路线和工艺条件，进而改造菌种、调整工艺，将代谢主流导向理想载流途径。
在导向成功的情况下，细胞处于异常代谢状态，细胞经济体系呈现导向型细胞经济的特色。
第29页：细胞经济受到严格的制约
- 21. 细胞经济受到严格的制约
- 工业发酵依靠细胞群体的代谢来获得产品。导向型细胞经济固然有利于特定代谢产物的生产，但竞争型细胞经济向导向型细胞经济的转化受到能量代谢、还原力的平衡等条件的严格制约（以保证有熵的输出），表现出代谢网络的刚性。
若细胞经济实体的运行状态过度偏离竞争型运行状态，活细胞的高度有序状态将走向无序，最终导致细胞经济的崩溃。
第30页：信息流指导下的工业发酵
- 22. 信息流指导下的工业发酵
- 在工业发酵生产中，可以把微生物细胞看作是细胞机器，进行能量代谢和物质代谢；同时又可以把它们看作是信息处理器，复制和传递自己的生物信息，接收细胞内外的物理、化学甚至生物信息，并在对内外信息流进行综合处理的基础上，发出代谢调控的指令，在网络刚性的范围之内控制微生物细胞自身的生命活动。
第31页：限制性遗传信息之谜
- 23. 限制性遗传信息之谜
- 可以推测在每个微生物细胞的遗传物质中必有其限制性的生死攸关的遗传信息，它们规定微生物细胞生命活动的基本的代谢网络及其调节机制。这些遗传信息是微生物细胞能够自主生活与独立存在的依据，也是微生物对环境的有限的适应性以及设计育种的计划往往不能完全兑现的内在原因。
第32页：从发酵工程到代谢工程
- 24. 从发酵工程到代谢工程
- 微生物生物工程（现代发酵工程）基本理论在对代谢流及其控制做出定性或半定量分析，并在此基础上建立了工业发酵的策略思想，这就为代谢流（及其控制）的定量分析架起了桥梁。
基因工程原理和已走向成熟的分子生物学技术又为我们提供了进行精确而有效的遗传修饰的手段。于是，代谢工程水到渠成。
第33页：代谢工程的定义
- 25. 代谢工程（定义）
- 代谢工程是这样一种生物工程技术：在对代谢流及其控制进行定量分析的基础上，提出精确的遗传修饰方案并借助分子生物学技术付诸实施。如此按部就班反复进行实践，从代谢的整体上改善细胞的性能和应用前景。
第34页：代谢流及其控制的分析方法
26. 代谢流及其控制的分析
- 代谢途径的综合分析（Metabolic Pathway Synthesis）
- 代谢流量分析（Metabolic Flux Analysis）
- 代谢控制分析（Metabolic Control Analysis）
- 代谢网络结构分析
- 代谢网络流量分析
- 细胞生命活动的热动力学
第35页：参考网址推荐
介绍两个网址
- www.genome.ad.jp/kegg — KEGG：Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes
- www.embl-heidelberg.de / www.gmd.de — German National Centre for Information Technology homepage
