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03 第三章 酶的分离纯化 .ppt

页数:39页文件大小:2.72 MB来源: 酶工程ppt课件

本课件讲述通过人工方法改变酶分子结构以改善其性能的技术。先说明修饰的意义与对反应条件的要求,再逐一讲解金属离子置换、大分子结合、侧链基团、肽链有限水解、氨基酸置换与物理修饰六类方法及其过程,最后归纳修饰后热稳定性、抗原性与半衰期的变化,并介绍酶的定向进化原理与实例。

酶的分子修饰章节封面,标示第四章主题为酶分子结构改造与性质优化
第四章目录页,列出修饰概念、基本要求、修饰方法、性质变化与定向进化五节
酶分子修饰定义说明图,强调体外与生物相容性物质共价连接改变酶结构与性质
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第1页:第四章酶的分子修饰封面

本章为《酶工程》第四章,主题为酶的分子修饰,讨论如何通过人工方法改变酶分子的结构,从而改变酶的特性与功能。

第2页:第四章目录

  • 什么是酶分子修饰
  • 酶分子修饰的基本要求和条件
  • 酶分子的修饰方法
  • 酶修饰后的性质变化
  • 酶的定向进化

第3页:4.1 什么是酶分子修饰

酶分子修饰
通过各种方法使酶分子的结构发生某些改变,从而改变酶的某些特性和功能的技术过程;即在体外将酶分子通过人工方法与一些化学基团(物质),特别是具有生物相容性的物质进行共价连接,从而改变酶的结构和性质。

第4页:酶分子修饰的意义

酶分子修饰的意义:

  • 提高酶的活力(activity)
  • 增强酶的稳定性(stability)
  • 降低或消除酶的抗原性(immunological property)
  • 研究和了解酶分子中主链、侧链、组成单位、金属离子和各种物理因素对酶分子空间构象的影响(structure)

第5页:4.2 酶分子修饰的基本要求和条件

对酶分子进行修饰必须在修饰原理、修饰剂和反应条件的选择以及酶学性质等方面有足够的了解:

  • (1)酶的稳定性:热稳定性、酸碱稳定性、作用温度、pH、抑制剂等
  • (2)酶活性中心的状况:活性中心基团、辅因子等,其他如分子大小、性状、亚基数等

第6页:酶分子修饰的条件

修饰反应应尽可能在酶稳定条件下进行,尽量不破坏酶活性功能的必需基团,使修饰率高,同时酶的活力回收高:

  • (1)pH 与离子强度:pH 决定酶蛋白分子中反应基团的解离状态,解离状态不同反应性能也不同
  • (2)修饰反应的温度与时间:严格控制可减少乃至消除非专一性的修饰反应
  • (3)反应体系中酶与修饰剂的比例

第7页:4.3 酶分子的修饰方法

酶分子的修饰方法主要有:

  • 金属离子置换修饰
  • 大分子结合修饰(共价/非共价)
  • 侧链基团修饰
  • 肽链有限水解修饰
  • 氨基酸置换修饰
  • 酶分子的物理修饰

第8页:(1) 酶的金属离子置换修饰

金属离子置换修饰
把酶分子中的金属离子换成另一种金属离子,使酶的特性和功能发生改变的修饰方法。

含金属离子的酶举例:α-淀粉酶中的钙离子(Ca2+)、谷氨酸脱氢酶中的锌离子(Zn2+)、过氧化氢酶分子中的铁离子(Fe2+)、酰基氨基酸酶分子中的锌离子(Zn2+)、超氧化物歧化酶分子中的铜锌离子(Cu2+、Zn2+)。

除去金属离子后酶往往丧失催化活性;重新加入原有金属离子,活性可恢复或部分恢复;用另一种金属离子置换则呈现不同特性,可能降低或提高活性与稳定性。

第9页:金属离子置换修饰的过程

金属离子置换修饰的过程:

  • a. 酶的分离纯化:先经分离纯化除去杂质,获得具有一定纯度的酶液
  • b. 除去原有的金属离子:加入金属螯合剂如乙二胺四乙酸(EDTA)使金属离子形成螯合物,再通过透析、超滤、分子筛层析除去 EDTA-金属螯合物,此时酶往往成为无活性状态
  • c. 加入置换离子:加入一定量的另一种金属离子使酶蛋白与之结合,除去多余置换离子即得修饰酶

该方法只适用于分子结构中本来含有金属离子的酶,用于置换的金属离子一般都是二价金属离子。

第10页:(2) 酶的大分子修饰:非共价修饰

非共价修饰:使用能与酶非共价相互作用又能有效保护酶的添加物,如聚乙二醇、右旋糖苷等,它们既可通过氢键固定在酶分子表面,也能通过氢键有效与外部水相连,从而保护酶的活力。

  • 多元醇、多糖、多聚氨基酸、多胺等可通过调节酶的微环境保护酶的活力
  • 蛋白质类添加物:蛋白质分子相互作用时表面区域排除水分子,增加相互作用力,稳定性随之增加

第11页:酶的大分子修饰:共价修饰

共价修饰:用可溶性大分子如聚乙二醇、右旋糖苷、肝素等通过共价键连接于酶分子表面,形成一层覆盖层。

  • 用聚乙二醇修饰超氧物歧化酶,不仅可降低或消除酶的抗原性,还提高抗蛋白酶能力,延长体内半衰期,从而提高药效
  • 每分子核糖核酸酶与 6.5 分子右旋糖酐结合,酶活力提高到原有活力的 2.25 倍
  • 每分子胰凝乳蛋白酶与 11 分子右旋糖酐结合,酶活力达到原有活力的 5.1 倍

第12页:大分子修饰(共价)的过程

大分子共价修饰的过程:

  • 修饰剂的选择:采用水溶性大分子,如聚乙二醇(PEG)、右旋糖酐、蔗糖聚合物(Ficoll)、葡聚糖、环状糊精、肝素、羧甲基纤维素、聚氨基酸等
  • 修饰剂的活化:修饰剂中的基团往往不能直接与酶分子基团反应,使用前一般需经过活化
  • 修饰:活化后的大分子修饰剂与纯化酶液按一定比例混合,在一定温度、pH 条件下反应,使活化基团与酶分子侧链基团共价结合
  • 分离:通过凝胶层析等方法将不同修饰度的酶分子分开,获得修饰效果较好的修饰酶

第13页:PEG 修饰 SOD 的半衰期对比

聚乙二醇是线性分子,具有良好的生物相容性和水溶性,在体内无毒性、无残留、无免疫原性,并可消除酶的抗原性,末端活化后可与酶产生交联,因而广泛用于酶的修饰。

不同大分子修饰 SOD 的半衰期与相对稳定性
酶半衰期相对稳定性
天然 SOD6 min1
右旋糖酐-SOD7 h70
Ficoll(低分子量)-SOD14 h140
Ficoll(高分子量)-SOD24 h240
聚乙二醇-SOD35 h350

第14页:(3) 酶分子的侧链基团修饰

侧链基团修饰
采用一定的方法(一般为化学法)使酶蛋白的侧链基团发生改变,从而改变酶分子的特性和功能的修饰方法。

该方法可用于研究各种基团在酶分子中的作用及其对酶结构、特性和功能的影响,在研究酶活性中心必需基团时经常采用。

酶蛋白的侧链基团指氨基酸残基上的功能团,主要包括氨基、羧基、巯基、胍基、酚基等。这些基团可形成各种副键,对酶蛋白空间结构的形成和稳定有重要作用;侧链基团一旦改变将引起空间构象改变,从而改变酶的特性和功能。

第15页:催化活性/非催化活性基团的修饰

  • 对非催化基团修饰可改变酶的动力学性质,改变酶对特殊底物的束缚能力
  • 经常被修饰的残基:亲核的 Ser、Cys、Met、Thr、Lys、His;亲电的 Tyr、Trp
  • 对催化活性基团可通过选择性修饰侧链成分来实现氨基酸的取代

第16页:常见基团的化学修饰反应:羧基

本页图示酶蛋白侧链羧基的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第17页:常见基团的化学修饰反应:氨基

本页图示酶蛋白侧链氨基的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第18页:常见基团的化学修饰反应:巯基

本页图示酶蛋白侧链巯基的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第19页:常见基团的化学修饰反应:咪唑基

本页图示酶蛋白侧链咪唑基(组氨酸残基)的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第20页:常见基团的化学修饰反应:酚羟基

本页图示酶蛋白侧链酚羟基(酪氨酸残基)的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第21页:常见基团的化学修饰反应:胍基

本页图示酶蛋白侧链胍基(精氨酸残基)的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第22页:常见基团的化学修饰反应:色氨酸吲哚基

本页图示酶蛋白侧链色氨酸吲哚基的化学修饰反应式,建议对照原图核对所用修饰剂与反应条件。

第23页:(4) 酶蛋白主链修饰与胃蛋白酶原的激活

酶蛋白主链修饰(肽链有限水解修饰)
利用酶分子主链的切断和连接,使酶分子的化学结构及其空间结构发生某些改变,从而改变酶的特性和功能的方法,主要靠酶切/酶原激活法。

a、胃蛋白酶原的激活:胃蛋白酶原在酸性条件下切除前体肽段,转变为有活性的胃蛋白酶。建议对照原图确认切除位点与所需 pH 条件。

第24页:

第25页:胰蛋白酶原的激活

本页图示胰蛋白酶原(trypsinogen)的激活过程:在肠激酶或已有胰蛋白酶作用下切除 N 端肽段,构象重排后形成有活性的胰蛋白酶。建议对照原图确认切除的肽段序列与激活条件。

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第28页:(5) 氨基酸置换修饰

氨基酸或核苷酸的置换修饰可采用化学修饰方法。例如 Bender 等利用化学修饰法将枯草杆菌蛋白酶活性中心的丝氨酸转换为半胱氨酸,修饰后该酶失去对蛋白质和多肽的水解能力,却出现了催化硝基苯酯等底物水解的活性。但化学修饰法难度大、成本高、专一性差,需逐个修饰,操作复杂,难以工业化生产。

现在常用的方法是定点突变(site directed mutagenesis):20 世纪 80 年代发展起来的基因操作技术,指在 DNA 序列的某一特定位点上进行碱基改变从而获得突变基因的操作技术,是蛋白质工程和酶分子组成单位置换修饰中常用的技术。

第29页:酶分子的定点突变

酶分子定点突变的主要步骤:

  • 1、基因序列分析
  • 2、蛋白质结构分析
  • 3、酶活性中心分析
  • 4、引物设计进行基因定点突变
  • 5、酶基因克隆表达
  • 6、变异特性分析

第30页:(6) 酶分子的物理修饰

通过物理修饰,可以了解不同物理条件下,特别是在极端条件下(高温、高压、高盐、极端 pH 值等)由于酶分子空间构象的改变而引起酶特性和功能的变化情况。

特点在于不改变酶的组成单位及其基团,酶分子中的共价键不发生改变,只是在物理因素的作用下副键发生某些变化和重排。

第31页:4.4 酶修饰后的性质变化

酶经修饰后的性质变化:

  • 热稳定性:一般来说有较大的提高
  • 抗原性:PEG 和人血清白蛋白在消除酶的抗原性上效果比较明显
  • 各类失活因子的抵抗力:修饰酶对蛋白酶、抑制剂均有一定抵抗能力,从而提高稳定性
  • 半衰期:体内的半衰期得到有效延长
  • 最适 pH:大部分酶经化学修饰后最适 pH 发生变化,修饰酶最适 pH 更接近生理环境,在临床应用上有较大意义
  • Km 的变化:大多数酶经修饰后 Vm 没有明显变化,但有些酶修饰后 Km 值变大

第32页:4.5 酶的定向进化

酶分子的改造有两条路线:

  • 酶分子的合理设计(rational design)
  • 酶分子的定向进化(directed evolution)

第33页:酶的合理设计

本页图示酶的合理设计思路:在已知酶空间结构与催化机制的基础上,有针对性地设计并改造酶分子,以获得预期性质。建议对照原图补充具体设计流程。

第34页:体外定向进化的意义

酶的体外定向进化
又称实验分子进化,属于蛋白质的非合理设计。它不需事先了解酶的空间结构和催化机制,通过人为创造特殊条件,模拟自然进化机制(随机突变、重组和自然选择),在体外改造酶基因,并定向选择出所需性质的突变酶。

理论上蛋白质分子蕴藏着很大的进化潜力,很多功能有待开发,这是体外定向进化的基本先决条件。该技术极大拓展了蛋白质工程学的研究和应用范围,特别能够解决合理设计所不能解决的问题,并在工业、农业和医药等领域逐渐显示其生命力。

第35页:定向进化的原理

在待进化酶基因的 PCR 扩增反应中,利用 Taq DNA 聚合酶不具有 3'→5' 校对功能的性质,配合适当条件,以很低的比率向目的基因中随机引入突变,构建突变库,凭借定向的选择方法选出所需性质的优化酶(或蛋白质),从而排除其他突变体。

  • 定向进化的基本规则是「获取你所筛选的突变体」
  • 定向进化 = 随机突变 + 选择

前者由人为引发,后者相当于环境,只作用于突变后的分子群,起着选择某一方向的进化而排除其他方向突变的作用,整个进化过程完全在人为控制下进行。

第36页:DNA 改组和外显子改组

DNA 改组(DNA shuffling)又称有性 PCR(sexual PCR),目的是创造将亲本基因群中的突变尽可能组合的机会,导致更大的变异,最终获取最佳突变组合的酶。通过 DNA 改组不仅可加速积累有益突变,而且可使酶的 2 个或更多已优化性质合为一体。

外显子改组(exon shuffling)类似于 DNA 改组,两者都在各自含突变的片段间进行交换,前者尤其适用于真核生物。自然界中不同分子的内含子间发生同源重组,导致不同外显子结合,是产生新蛋白质的有效途径之一。与 DNA 改组不同,外显子改组靠同一种分子间内含子的同源性带动,而 DNA 改组不受任何限制,发生在整个基因片段上。

第37页:DNA 改组原理

本页图示 DNA 改组的原理流程:将亲本基因酶切成随机片段,经无引物 PCR 使片段互为引物重排延伸,再以重排产物为模板扩增全长基因并导入表达筛选。建议对照原图补充各步骤条件。

第38页:定向进化的选择策略

  • 定向进化中突变具有随机性,但通过选择特定方向的突变限定进化趋势,加之控制实验条件、限定突变种类、降低突变率、缩小突变库容量,不仅减少工作量,更加快了酶在某一方向的进化速度
  • 通常筛选方法必须灵敏,至少与目的性质相关;另一些筛选方法如加入能产生可见光信号的底物或利用绿色荧光蛋白的荧光性质等,可构成高通量的筛选体系

第39页:酶的体外定向进化应用实例

酶的体外定向进化应用实例
酶突变性质方法
枯草杆菌蛋白酶 E有机相活性/稳定性易错 PCR
β-内酰胺酶总活力/底物专一性DNA 改组
枯草杆菌蛋白酶 BPN′稳定性盒式诱变
对硝基苯酯酶底物专一性/有机相活性易错 PCR/DNA 改组
胸腺嘧啶核苷激酶底物专一性盒式诱变
β-半乳糖苷酶底物专一性DNA 改组
绿色荧光蛋白荧光DNA 改组
核酶底物专一性易错 PCR/DNA 改组
天冬氨酸酶活性与稳定性随机/定位诱变
药物和疫苗活性/专一性/最佳表达DNA 改组

注:源文件为单行粘连文本,本表按「酶/突变性质/方法」三列结构推断切分,建议对照原图核对。

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