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03 DNA的生物合成.pptx

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本课件讲述以亲代DNA为模板合成子代DNA的复制过程,先说明半保留复制、双向复制与半不连续复制等基本规律,再介绍底物、模板、引物与聚合酶组成的复制体系,随后分述原核与真核生物的复制过程,最后讲解端粒与DNA损伤修复。

DNA生物合成章起始页,说明复制是以亲代DNA为模板合成子代DNA的过程,并展示复制叉与子代双链的形成
复制基本规律概览页,归纳半保留复制、固定起始点、双向复制、半不连续复制与复制的高保真性五项规律
半保留复制实验依据页,展示含重氮DNA的细菌在普通培养液中连续传代后的密度梯度离心结果
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第1页:DNA复制的概念

(DNA Biosynthesis,Replication)DNA的生物合成(复制)复制是指以亲代DNA为模板合成子链DNA的过程。AGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCCCACTGGGGTGACCAGGTACTGTCCATGACTCCATGACAGGTACTGAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACCAGGTACTGCCACTGGTCCATGACGGTGACC+亲代DNA复制叉子代DNA

第2页:复制的基本规律

(Basic Rules and System of DNA Replication )第一节复制基本规律与体系复制的方式——半保留复制固定起始点双向复制半不连续复制复制的高保真性基本规律一、复制的基本规律

  • 半保留复制
  • 概念DNA合成时,以亲代DNA解开的两股单链为模板,按碱基配对规律,合成子代DNA的过程。子代DNA,一股单链来源于亲代,另一股单链为新合成。子代和亲代的DNA碱基序列一致。这种复制方式称为半保留复制。

第3页:半保留复制的实验依据

  • 密度梯度实验——实验结果支持半保留复制的设想。含重氮-DNA的细菌培养于普通培养液第一代继续培养于普通培养液第二代梯度离心结果
  • 半保留复制的实验依据和意义

第4页:半保留复制的意义

  • 子链继承母链遗传信息的几种可能方式全保留式(混合式)半保留式按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序列一致,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了遗传的保守性。是物种稳定性的分子基础,但不是绝对的。
  • 半保留复制的意义

第5页:固定起始点与双向复制

  • 原核生物复制时,DNA从起始点向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为双向复制。
  • 双向复制复制中的放射自显影示意图A.环状双链DNA及复制起始点B.复制中的两个复制叉C.复制接近终止点oriterA B C(二)固定起始点复制是从具有特异碱基序列的复制起始点开始。原核生物(一个起始点),真核生物(多个起始点)。

第6页:真核生物的多复制子

2.真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子的复制。习惯上把两个相邻起始点之间的距离定为一个复制子。复制子是独立完成复制的功能单位。5’3’oriorioriori5’3’5’5’3’3’5’5’3’复制子3’

第7页:复制的半不连续性

(四)复制的半不连续性3535解链方向3´5´3´3´5´领头链(leading strand)随从链(lagging strand)顺解链方向生成的子链,复制为连续进行,称为领头链。另一股链复制方向与解链方向相反,不能顺着解链方向连续延长,称为随从链。复制中不连续片段称为岡崎片段(okazaki fragment)。领头链连续复制而随从链不连续复制,就是复制的半不连续性。

第8页:DNA-pol的校读作用

  • DNA-pol的核酸外切酶活性和及时校读A:DNA-pol的外切酶活性切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物。B:碱基配对正确,DNA-pol不表现活性。DNA-polⅠ外切活性聚合活性AGA:CGB:5/3/5/3/无活性
  • 复制的高保真性

第9页:复制保真性的碱基选择

  • 复制保真性的碱基选择a) DNA聚合酶靠其大分子结构协调非共价(氢键)与共价键(磷酸二酯键)的有序形成。b)嘌呤的化学结构能形成顺式和反式构型,与相应的嘧啶形成氢键配对,嘌呤应处于反式构型。
  • DNA复制保真性依赖三种机制a)遵守严格的碱基配对规律。b)聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能。c)复制出错时DNA-pol的及时校读功能。NN9P-RNHHNN6顺式NN9R-PNHHNN6反式

第10页:DNA复制的体系

二、DNA复制的体系

  • 底物(substrate)dATP, dGTP, dCTP, dTTP。
  • 模板(template)解开成单链的DNA母链。
  • 引物(primer)提供3-OH末端使dNTP可以依次聚合的RNA(DNA)片断。
  • 酶和蛋白因子
  • DNA聚合酶全称为依赖DNA的DNA聚合酶(DNA-dependentDNA polymerase),简称DNA-pol。

第11页:DNA聚合酶的活性

(1)活性:53的聚合活性;35外切酶活性能辨认错配的碱基对,并将其水解;53外切酶活性能切除突变的DNA片段。5´A G C T T C A G G A TA3´| | | | | | | | | | |3´T C G A A G T C C T A G C G A C 5´?

第12页:大肠杆菌三种DNA聚合酶

大肠杆菌中的三种DNA聚合酶:下表比较三者的分子量、聚合速率、酶活性与生物学功能。

大肠杆菌E.coli中的三种DNA聚合酶
项目DNA-pol ⅠDNA-pol ⅡDNA-pol Ⅲ
分子量(kD)109120900
聚合速率(核苷酸/分)1000—60000
5′→3′聚合酶活性+++
3′→5′外切酶活性+++
5′→3′外切酶活性+——
生物学功能切除引物、延长冈崎片段、DNA损伤修复、校读作用DNA损伤修复、校读作用延长子链、校读作用

第13页:DNA-polⅠ与Klenow片段

①DNA-polⅠ(109kD)小片段5核酸外切酶活性大片段/Klenow片段DNA聚合酶活性,5核酸外切酶活性N端C端木瓜蛋白酶DNA-pol ⅠKlenow片段是实验室合成DNA的常用工具酶。功能:对复制中的错误进行校读,对复制和修复中出现的空隙进行填补。

第14页:DNA-polⅡ与DNA-polⅢ

  • DNA-polⅡ(120kD)DNA-pol II基因发生突变,细菌依然能存活。它参与DNA损伤的应急状态修复。功能:是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。
  • DNA-pol Ⅲ (250kD)

第15页:真核生物的DNA聚合酶

真核生物的DNA聚合酶:下表列出五种聚合酶的分子量、外切酶活性与功能。

真核生物的DNA聚合酶
项目pol αpol βpol γpol δpol ε
分子量(kD)16.54.014.012.525.5
5′→3′聚合活性中?高高高
3′→5′外切酶活性——+++
功能起始引发,引物酶活性参与损伤与修复线粒体DNA复制延长子链的主要酶,解螺旋酶活性填补引物空隙,切除修复,重组

第16页:解螺旋酶与引物酶等其他因子

复制相关的其他酶与蛋白因子:下表列出各因子的通用名与功能。

参与DNA复制的其他酶与蛋白因子
蛋白因子通用名功能
DnaA(dnaA)DnaA辨认起始点
DnaB(dnaB)解螺旋酶解开DNA双链
DnaC(dnaC)DnaC运送和协同DnaB
DnaG(dnaG)引物酶催化RNA引物生成
SSB单链DNA结合蛋白稳定已解开的单链

第17页:DNA拓扑异构酶

108局部解链后

  • 拓扑异构酶Ⅰ切断DNA双链中一股链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口,DNA变为松弛状态。反应不需ATP。
  • 拓扑异构酶Ⅱ切断DNA分子两股链,断端通过切口旋转使超螺旋松弛。利用ATP供能连接断端,DNA分子进入负超螺旋状态。
  • DNA拓扑异构酶(DNA topoisomerase)指理顺DNA链,改变超螺旋状态的酶,分为I型和II型。

第18页:DNA连接酶

(5)DNA连接酶(DNA ligase)连接DNA链3-OH末端和相邻DNA链5-P末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相邻的DNA链连接成一条完整的链。3’HO5’3’3’5’DNA连接酶ATPADP5’3’5’

第19页:原核生物复制的起始

第二节DNA复制的过程(The Process of DNA Replication)(一)复制的起始需要解决两个问题DNA解开成单链,提供模板。合成引物,提供3-OH末端。一、原核生物的DNA生物合成

第20页:E.coli复制起始点oriC

E.coli复制起始点oriCGATTNTTTATTT···GATCTNTTNTATT···GATCTCTTATTAG···1 13 17 29 32 44···TGTGGATTA-‖-ACACATATT-‖-TTTGGATAA-‖-ACACCTATT58 66 166 174 201 209 237 245串联重复序列反向重复序列53531.DNA解链的起始点

第21页:引发体和引物

Dna ADna B、Dna CDNA拓扑异构酶引物酶SSB35352.引发体和引物含有解螺旋酶、DnaC蛋白、引物酶和DNA复制起始区域的复合结构称为引发体。

第22页:引物的合成

3535引物
是由引物酶催化合成的短链RNA分子。引物3'HO5'引物酶

第23页:复制的延长

5'3'5'dATPdGTPdTTPdCTPdTTPdGTPdATPdCTPOH 3'3'DNA-pol复制的延长指在DNA-pol催化下,dNTP以dNMP的方式逐个加入引物或延长中的子链上,其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。(二)复制的延长

第24页:领头链的合成

领头链的合成1.领头链的延长领头链沿着5/→ 3/方向可以连续的延长。

第25页:随从链的延长

随从链延长示意图,展示与解链方向相反的模板链以冈崎片段形式分段不连续合成

。

第26页:DNA复制简图

DNA复制简图,整体呈现复制叉处亲代双链解链与两条子链同时合成的结构关系

。

第27页:复制延长动画

DNA复制延长动画页,动态演示复制叉移动过程中领头链与随从链的合成与连接

。

第28页:复制的终止

1.原核生物基因
是环状DNA,双向复制的复制片段在复制的终止点(ter)处汇合。oriterE.coli8232oriterSV40500(三)复制的终止

第29页:冈崎片段的连接

555RNA酶OHP5DNA-pol ⅠdNTP55PATPADP+Pi55DNA连接酶2.随从链上不连续性片段的连接

第30页:真核生物的DNA生物合成

哺乳动物的细胞周期DNA合成期G1G2SM二、真核生物的DNA生物合成真核生物DNA复制在细胞周期的S期进行,也可分为起始、延长和终止三个阶段,每个阶段的基本过程与原核生物DNA复制相似,但存在不少差异。

第31页:真核生物复制的起始

  • 真核生物每个染色体有多个起始点,是多复制子复制。复制有时序性,即复制子以分组方式激活而不是同步起动。
  • 复制的起始需要DNA-polα(引物酶活性)和polδ(解螺旋酶活性)参与。还需拓扑酶和复制因子(replicationfactor,RF)。
  • 增殖细胞核抗原(proliferationcellnuclearantigen,PCNA)在复制起始和延长中起关键作用。
  • 复制的起始

第32页:真核生物复制的延长

3553领头链3535亲代DNA随从链引物核小体(二)复制的延长真核生物的聚合酶δ催化子链的延长,并有校正功能。引物和冈崎片段(约200bp)都比较短。

第33页:真核生物复制的终止

53355335+5333355

  • 染色体DNA呈线状,复制在末端停止。
  • 复制中岡崎片段的连接,复制子之间的连接。
  • 染色体两端DNA子链上复制的RNA引物,去除后留下空隙。
  • 复制的终止

第34页:端粒与端粒酶

  • 端粒(telomere)指真核生物染色体线性DNA分子末端的结构。TTTTGGGGTTTTGGGG…
  • 端粒与端粒酶
  • 功能维持染色体的稳定性。维持DNA复制的完整性。
  • 结构特点由末端单链DNA序列和蛋白质构成。末端序列是多重复富含G、C的短序列。
  • 端粒酶(telomerase)端粒酶RNA(human telomerase RNA, hTR)端粒酶协同蛋白(human telomerase associatedprotein 1, hTP1)端粒酶逆转录酶(human telomerase reverse transcriptase, hTRT)

第35页:端粒酶催化作用的爬行模型

5.端粒酶催化作用的爬行模型真核DNA复制后,两个5ˊ末端的引物被切除,缺口无法填补,故DNA将面临多次复制而逐渐缩短的问题。

第36页:突变与DNA损伤

第三节DNA损伤与修复突变(Mutation)是指DNA分子中碱基序列的改变,又称为DNA损伤(DNA damage)。意义突变是进化、分化的分子基础突变导致基因型改变突变导致死亡突变是某些疾病的发病基础(DNA Damage and Repair)

第37页:引发突变的物理因素

一、引发突变的因素

  • 物理因素紫外线(ultra violet, UV)、各种辐射
  • 自发因素
  • 诱发因素复制过程中发生的突变,可发生10-16频率的突变。PRRNNHOOCH3NNHOOCH3PRRNNHOOCH3NNHOOCH3UV嘧啶二聚体

第38页:化学诱变剂

常见的化学诱变剂:下表列出各类诱变剂的作用点与引起的分子改变。

常见化学诱变剂的类别、作用点与分子改变
化合物类别作用点分子改变
碱基类似物(如5-FU)A→5-FU→GA-T→G-C
羟胺类(NH2OH)T→CT-A→C-G
亚硝酸盐(NO2)C→UG-C→A-T
烷化剂(如氮芥类)G→mGDNA缺失G

第39页:突变的类型

  • 突变的类型错配缺失插入重排框移DNA分子上的碱基错配称点突变(point mutation)。
  • 转换:发生在同型碱基之间,即嘌呤代替另一嘌呤,或嘧啶代替另一嘧啶。
  • 颠换:发生在异型碱基之间,即嘌呤变嘧啶或嘧啶变嘌呤。
  • 错配(mismatch)
  • 重排(rearrangement)DNA分子内较大片段的交换,称为重组或重排。

第40页:缺失、插入与框移突变

  • 缺失(deletion)、插入(insertion)和框移(frame-shift)
  • 缺失:一个碱基或一段核苷酸链从DNA大分子上消失。
  • 插入:原来没有的一个碱基或一段核苷酸链插入到DNA大分子中间。
  • 缺失或插入都可导致框移突变。谷酪蛋丝5’ ……GCAG U AC A UG U C……丙缬组缬正常5’ ……G A GU A CA U GU C ……缺失C框移突变是指三联体密码的阅读方式改变,造成蛋白质氨基酸排列顺序发生改变。

第41页:DNA损伤的修复类型

二、DNA损伤的修复修复(repairing):是对已发生分子改变的补偿措施,使其回复原有的天然状态。光修复(light repairing)切除修复(excision repairing)重组修复(recombination repairing)SOS修复类型

第42页:光修复

PRRNNHOOCH3NNHOOCH3PRRNNHOOCH3NNHOOCH3(一)光修复光修复酶(photolyase)UV

第43页:切除修复

(二)切除修复
是细胞内最重要和有效的修复机制,主要由DNA-polⅠ和连接酶完成。UvrAUvrBUvrCOHPDNA聚合酶ⅠOHPDNA连接酶ATPE.coli的切除修复机制

第44页:切除修复动画

切除修复动画页,动态演示损伤DNA片段被切除、填补空隙并连接成完整链的全过程

。

第45页:重组修复与SOS修复

  • 重组修复
  • SOS修复
  • 当DNA损伤难以复制时,而诱发出一系列复杂的反应。
  • 在E.coli,各种与修复有关的基因,组成一个称为调节子(regulon)的网络式调控系统。
  • 这种修复特异性低,对碱基的识别、选择能力差。通过SOS修复,复制如能继续,细胞可存活。但DNA保留的错误较多,导致较广泛、长期的突变。
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