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11 Replication.pptx

页数:112页文件大小:1.04 MB来源: 生物化学ppt课件

本课件围绕遗传信息传递的第一环节展开,给出中心法则与DNA复制的一般规律,讲解大肠杆菌DNA聚合酶特性、复制起始与延伸、冈崎片段与半不连续复制、真核复制特点,并介绍DNA损伤的修复机制。

Chapter 11DNA Replication封面,本页为第十一章 DNA的复制与修复的开篇页,后续内容接续「教学要求」
教学要求要点,掌握遗传信息传递的中心法则、掌握DNA复制的一般规律、了解大肠杆菌DNA聚合酶的催化特性等5项
大肠杆菌遗传图谱参与复制的基因,本页以图示为主,后续内容接续「DNA生物合成的两种方式」
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第1页:Chapter 11DNA Replication

Chapter 11DNA Replication and Repair

第2页:教学要求

教学要求:本节要点如下。

  • 要求
  • 1.掌握遗传信息传递的中心法则
  • 掌握DNA复制的一般规律:DNA半保留复制、半不连续复制
  • 3.了解大肠杆菌DNA聚合酶的催化特性,原核生物DNA的复制过程
  • 4.了解引起DNA损伤的因素,DNA损伤的修复机制

第3页:大肠杆菌遗传图谱参与复制的基因

大肠杆菌遗传图谱参与复制的基因

第4页:DNA生物合成的两种方式

DNA生物合成的两种方式
DNA复制和反转录DNA体内复制涉及:原核、真核生物的染色体细菌质粒(环状,双链)真核细胞器DNA(线粒体、叶绿体)病毒(双链,环状)DNA的体外复制:DNA分子克隆

第5页:1958年F.Crick提出中心法则A.

1958年F.Crick提出中心法则A.以DNA分子为模板,合成出相同DNA分子的过程B.以某一段DNA分子为模板,合成出对应的RNA分子的过程C.以mRNA为模板,根据三联密码规则,合成对应蛋白质的过程中心法则揭示了遗传信息的传递方向

第6页:中心法则

中心法则

第7页:中心法则

中心法则

第8页:第一节DNA的复制一

第一节DNA的复制一:本节要点如下。

  • ①半保留
  • ②全保留
  • ③随机保留(如果是这两种复制方式,实验将结果如何)

第9页:Semi-conservative

Semi-conservative replication

第10页:1963年,Cairns

1963年,Cairns:本节要点如下。

  • 用放射自显影法在显微镜下首次观察到完整的正在复制的E.coli
  • 染色体DNA。3H-脱氧胸苷标记E.coli.DNA,经过将近两代时用溶菌酶消化细胞壁,将E.coli.DNA转至膜上,干燥,压感光胶片,3H放出的β粒子还原银,在光学显微镜下观察。

第11页:Semi-conservative

Semi-conservative replication

第12页:复制中的大肠杆菌染色体

复制中的大肠杆菌染色体

第13页:复制起点、单位和方向⑴复制

2.复制起点、单位和方向⑴复制起点多数生物的复制起点,都是DNA呼吸作用强烈(甲醛变性实验)的区段,即经常开放的区段富含A.T。环状DNA复制起点的确定方法:在一个生长的群体中,几乎所有的染色体都在复制过程中。

第14页:复制起点的确定

复制起点的确定

第15页:⑵复制单位复制子

⑵复制单位复制子(Replicon)
Genome能独立进行复制的单位,每个复制子含有一个复制起点。环状双链DNA只有一个复制起点,它们都是单复制子。真核染色体DNA有多个复制子,每个复制子约有100-200Kbp。在一个完整的细胞周期中,每一个复制起点只使用一次,完成一次复制过程。

第16页:⑶复制方向定点起始

⑶复制方向定点起始,复制方向大多数是双向的,形成两个复制叉,少数是单向复制,形成一个复制叉。等速进行双向进行定点起始异速进行单向进行

第17页:放射自显影判断DNA的复制方向及速度

放射自显影判断DNA的复制方向及速度
低放射性3H-脱氧胸苷,高放射性3H-脱氧胸苷。a.单向,b.双向等速,c.双向异速三种结果图形E.coli.的一个温度敏感株,在42℃时,能使DNA在完成复制后,不再开始新的复制过程,而在25℃时复制功又能能恢复。

第18页:复制的方向

复制的方向

第19页:复制方式⑴直线双向复制单点,双向,T7

3.复制方式⑴直线双向复制单点,双向,T7。多点,双向,真核染色体DNA。⑵θ型复制单向,双向(E.coli.)⑶滚环复制单链,环状,Φx174⑷D环复制线粒体,叶绿体⑸多复制叉复制E.coli.富营养时,采取多复制叉复制方式。E.coli.DNA复制速最快可达50000bp/min,完全复制需40min,富营养时,20min分裂。

第20页:复制方式-1

复制方式-1

第21页:复制方式-2

复制方式-2

第22页:复制方式-3

复制方式-3

第23页:半不连续复制所有DNA聚会酶催化反应的方向是5’

4.半不连续复制所有DNA聚会酶催化反应的方向是5’→3’1968年,发现冈崎片段。细菌长:1000-2000bp真核: 100-200bp,约等于一个核小体DNA的长度

第24页:复制叉

复制叉

第25页:DNA replication

DNA replication

第26页:二、DNA合成反应生物合成5’→3’

1.反应必备条件⑴DNA模板(反转录时用RNA模板)⑵引物(DNA、RNA或蛋白质)⑶DNA聚合酶⑷4种dNTP⑸Mg2+

第27页:二、DNA合成反应生物合成5’(续)

聚合反应过程及特点总反应式
n1dATPDNApol.dAMPn2dGTP+DNAdGMPDNAn3dCTPMg2+dCMPn4dTTPdTMP

第28页:DNA链的延长反应

DNA链的延长反应

第29页:DNA聚合酶反应特点

DNA聚合酶反应特点
⑴以4种dNTP为底物⑵反应受模板指导⑶需有引物3’-羟基存在⑷链生长方向5’→3’⑸产物的性质与模板相同

第30页:几种由DNA聚合酶催化的DNA合成反应

3.几种由DNA聚合酶催化的DNA合成反应

第31页:三、与DNA复制

1.原核DNA聚合酶(E.coli.)⑴E.coli.DNApol.I单体酶,分子量103000,含一个Zn2+,每个细胞中含400个DNApol.Ⅰ催化活性:5’3’聚合活性3’5’外切活性5’3’外切活性

第32页:用蛋白水解酶将DNA

用蛋白水解酶将DNA pol.Ⅰ部分水解可得:大片段(Klenow)5’3’聚合活性3’5’外切活性小片段5’3’外切活性Klenow片段的用途:a.补齐DNA3’隐缩未端b.标记DNA片段未端c.cDNA合成第二链d.DNA测序

第33页:

第34页:

第35页:⑵E.coli. DNA Pol.

Ⅱ分子量88000,催化活性
5’3’聚合3’5’外切无5’3’外切活性⑶E.coli.DNApol.
Ⅲ寡聚酶,全酶由10种共22个亚基组成α
Ⅲ寡聚酶,全酶由10种共22个亚基组成α、ε和θ三种亚基组成核心酶。

第36页:E.coli.DNA pol.Ⅲ

E.coli.DNA pol.Ⅲ

第37页:

第38页:

第39页:DNA pol.

DNA pol.:本节要点如下。

  • Ⅲ是合成新链DNA主要的酶,又称复制酶(Replicase)。5’→3’外切酶活性只作用于单链DNA。DNA聚合酶有6个结合位点⑴模板DNA结合位点,⑵引物结合位点⑶引物3,-OH位点、反应位点⑷底物dNTP结合位点⑸5’3’外切位点(pol.
  • Ⅱ没有)⑹3’5’外切位点(校正)

第40页:⑷DNA聚合酶Ⅳ和Ⅴ1999年发现

⑷DNA聚合酶Ⅳ和Ⅴ1999年发现,参与DNA的错误倾向修复。当DNA受到严重损伤时,可诱导合成这2种酶。它们能使修复缺乏准确性。

第41页:真核生物DNA聚合酶

真核生物DNA聚合酶:本节要点如下。

  • (1)DNA聚合酶α合成引物
  • (2)DNA聚合酶β修复DNA损伤
  • (3)DNA聚合酶γ线粒体DNA的复制
  • (4)DNA聚合酶δ核DNA的复制

第42页:真核生物DNA聚合酶(续)

真核生物DNA聚合酶(续):本节要点如下。

  • 3.引物合成酶DNA的复制需要RNA引物,引物合成酶可合成10-60个碱基的RNA引物。
  • 4.解螺旋酶解螺旋酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ与rep蛋白共同作用,将DNA两条链解开。

第43页:真核生物DNA聚合酶(续)

真核生物DNA聚合酶(续):本节要点如下。

  • 5.DNA旋转酶属DNA拓扑异构酶Ⅱ,可引入负超螺旋,消除复制叉前进时带来的拓扑张力。
  • 6.Single-Strand Binding Protein(SSB)复制叉上的解螺旋酶,沿双链DNA前进,产生单链区,大量的SSB与单链区结合,阻止复性和保护单链DNA不被核酸酶降解。

第44页:真核生物DNA聚合酶(续)

真核生物DNA聚合酶(续):本节要点如下。

  • 7.DNA连接酶(ligase)连接双链DNA上的切口E.coli.和其它细菌的DNAligase
  • 以NAD为能源,动物细胞和噬菌体DNAligase
  • 以ATP为能源,T4DNAligase
  • 可以连接平头双链DNA。

第45页:DNA连接酶

DNA连接酶(ligase)

第46页:四、DNA复制过程

1.DNA合成的起始起始阶段是复制调节的唯一阶段。E.coli.DNA复制起点(oriC),由245bp组成。在5’端有3个13bp重序列,在3’端有4个9bp重复序列。

第47页:大肠杆菌DNA复制起点

大肠杆菌DNA复制起点

第48页:复制的起始

复制的起始

第49页:复制的起始

复制的起始

第50页:大肠杆菌复制原点起始复制所需蛋白质

大肠杆菌复制原点起始复制所需蛋白质

第51页:大肠杆菌复制原点起始复制所需蛋白质功能

大肠杆菌复制原点起始复制所需蛋白质功能:DnaA在原点特定位置打开双螺旋DnaB使DNA解旋DnaCDnaB结合在原点所需Hu刺激起始引物酶(DNaG)合成RNA引物SSB结合单链DNARNA聚合酶促进DnaA活性旋转酶松驰DNA扭曲应力

第52页:20个DnaA结合在四组9bp

20个DnaA结合在四组9bp:本节要点如下。

  • 重复区,形成起始复合物,DNA环绕此复合物。三组13bp
  • 重复区依次变性,产生开放型复合物。DnaB(在DnaC协助下)与开放复合物结合,进一步解链。

第53页:DNA链的延长反应前导链只需要一个RNA

3.RNA引物的切除及缺口补齐DNApolⅠ的5’3’外切活力,切除RNA引物。DNApolⅠ的5’3’聚合活性补齐缺口。

第54页:DNA链的延长反应前导链只需要一(续)

DNA链的延长反应前导链只需要一(续):本节要点如下。

  • 4.DNA切口的连接DNAligase,真核细胞由ATP提供能量,原核由NAD提供能量。
  • 5.DNA合成的终止环状DNA、线性DNA,复制叉相遇即终止。DNA复制体结构(图)

第55页:

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第62页:DNA复制小结:⑴

DNA复制小结:⑴:本节要点如下。

  • Ⅲ在两条新生链上合成DNA⑹DNApol
  • Ⅰ切除RNA引物,并补齐DNA⑺DNAligase连接一个冈崎片段到后随链上

第63页:DNA复制过程中

DNA复制过程中,聚合酶对dTTP与dUTP的分辨能力不高,有少量dUTP掺入DNA链中。此时,U-糖苷酶、AP内切酶、DNApolⅠ、DNAligase共同作用,切除尿嘧啶,接上正确的碱基。

第64页:

第65页:五、真核生物DNA的复制

五、真核生物DNA的复制真核生物DNA复制叉移动的速度比原核的慢,如哺乳动物复制叉的移动速度每分钟1000-3000bp,细菌的每分钟50000bp。真核生物染色体全部复制完成前,起点不再从新开始复制。而在快速生长的原核生物中,起点可以连续发动复制。

第66页:真核生物在快速生长时

真核生物在快速生长时,可采用更多的复制起点同时复制。如黑腹果蝇,早期胚胎细胞中相邻复制起点的平均距离为7.9kb,而在培养的成体细胞中,平均距离为40kb,成体细胞只利用一部分复制起点。

第67页:复制过程中组蛋白的装配核小体的结构

1.复制过程中组蛋白的装配核小体的结构(200bp左右)真核生物的复制子上,亲代染色体的核小体被逐个打开,组蛋白八聚体直接转移到子代前导链上,新合成的组蛋白与后随链组装成核小体。DNA是半保留复制,组蛋白全保留。

第68页:复制时组蛋白的分布

复制时组蛋白的分布

第69页:真核生物DNA复制的终止端粒

真核生物DNA复制的终止端粒
一段DNA序列与蛋白质形成的复合体,是真核细胞染色体末端特有的结构。功能:⑴保证线性DNA完整复制⑵保护染色体末端⑶决定细胞寿命,胚系细胞含端粒酶,体细胞不表达端粒酶。

第70页:端粒

端粒(telomeres)分布于真核染色体未端。酵母端粒约100bp的重复序列,形式为:5,(TxGy)n3,(AxCy)nx和y一般为1-4端粒末端的重复序列,通过端粒酶(telomerase)将其加到染色体末端。

第71页:端粒酶含有RNA和蛋白质

端粒酶含有RNA和蛋白质:本节要点如下。

  • 重复序列,RNA分子用作端粒TxGy
  • 链合成的模板。端粒酶是一种反转录酶,它只合成与酶自身的RNA模板互补的DNA片段。

第72页:人类体细胞的端粒长度

人类体细胞的端粒长度,随年龄增加而逐渐缩短。细胞每分裂一次,端粒缩短50-200bp,短至1-4Kbp时,细胞就停止分裂。若能重建端粒,则细胞可以永远分裂。恶性肿瘤细胞端酶表达量多。

第73页:

第74页:六、DNA复制的真实性体内DNA复制

六、DNA复制的真实性体内DNA复制具有高度真实性,每复制107-1011个碱基对出现一个错误。碱基对的自由能在4-13KJ/mol,相当于平均参入100个核苷酸就可能出现一次错配,仅靠Watson-Crick双螺旋的碱基配对原则,突变率将高达10-2。

第75页:DNA聚合酶的碱基选择作用酶的被动论

1.DNA聚合酶的碱基选择作用酶的被动论:不同的核苷酸在聚合位点停留时间不同,正确的dNTP停留时间长,而参与聚合。酶积极参与理论:DNA聚合酶对正确与错误的核苷酸,不仅亲和性不同,而且将它们插入DNA引物端的速度也不同。DNA聚合酶能根据模板的核苷酸,选择正确的dNTP掺入引物末端。

第76页:动力学校正阅读:在新的磷酸二酯键未形成时

动力学校正阅读
在新的磷酸二酯键未形成时,dNTP结合在酶与模板—引物复合物的聚合位点上,DNA聚合酶能识别正确与错误的dNTP。DNA聚合酶对底物的识别作用,DNA聚合酶有两种底物,一种是DNA模板—引物,另一种是dNTP。DNA聚合酶先识别DNA模板和引物的3,未端,再识别底物dNTP,是一种有序的识别过程。

第77页:2.3’→5’外切活性

2.3’→5’外切活性:本节要点如下。

  • Ⅰ和pol.
  • Ⅲ有3’→5’外切活性,可删除错误插入的核苷酸。缺失3’→5’外切活性的E.coli.DNApol.
  • Ⅰ,催化DNA合成时,出现错误的频率增高5-50倍。3’→5’外切活性可以使DNA复制的真实性提高10-100倍。

第78页:

第79页:影响DNA合成真实性的因素

影响DNA合成真实性的因素:本节要点如下。

  • (1)高浓度NMP(如3’-AMP,5‘-GMP)竞争酶的dNTP结合位点,抑制3’→5’外切活性。
  • (2)某一种dNTP浓度很高,可使引物3’末端离开外切活性中心。
  • (3)dNTPMg2+结合成活化形式,用其它二价阳离子(如Mn2+)代替Mg2+时,会改变酶的主体结构,影响聚合活性和3’→5’外切活性。

第80页:影响DNA合成真实性的因素(续)

4.用RNA引物⑴从模板复制最初几个核酸时,碱基堆集力和氢键都较弱,易发生错配。⑵新复制的最初几个核苷酸,没有与模板形成稳定双链,DNA聚合酶的3’→5’校对功能难发挥作用。

第81页:第二节DNA的损伤及修复紫外线可使DNA

第二节DNA的损伤及修复紫外线可使DNA分子中同一条链上两个相邻的胸腺嘧啶碱基之间形成二聚体(TT),两个T以共价键形成环丁烷结构。CT、CC间也可形成少量二聚体(CT、CC),使复制、转录受阻。

第82页:胸腺嘧啶二聚体

胸腺嘧啶二聚体

第83页:一、光修复1949年已发现光复活象

一、光修复1949年已发现光复活象,可见光(最有效400nm)可激活光复活酶,此酶能分解由于紫外线形成的嘧啶二聚体。高等哺乳动物没有此酶。A.形成嘧啶二聚体B.光复合酶结合于损伤部位C.酶被可见光激活D.修复后释放酶

第84页:光修复

光修复

第85页:二、切除修复在一系列酶的作用下

二、切除修复在一系列酶的作用下,将DNA分子中受损伤部分切除,并以完整的那一条链为模板,合成出切去部分,DNA恢复正常功能。A.核酸内切酶识别DNA损伤部位,并在附近将其切开B.核酸外切酶切除损伤的DNAC.DNA聚合酶修复D. DNA连接酶连接

第86页:

第87页:甲基磺酸甲酯可使鸟嘌呤第7位氮原子烷基化

甲基磺酸甲酯可使鸟嘌呤第7位氮原子烷基化,活化β-糖苷键,产生脱嘌呤作用。DNA复制时,DNA聚合酶对dTTP和dUTP分辨力不高,有少量dUTP掺入DNA链。

第88页:三、重组修复切除修复发生在DNA复制之前

三、重组修复切除修复发生在DNA复制之前,而当DNA发动复制时尚未修复的损伤部位,可以先复制,再重组修复。在重组修复过程中,DNA链的损伤并未除去。重组基因recA编码一种分子量为40000的蛋白质,它具有交换DNA链的活力。RecA蛋白被认为在DNA重组和重组修复中均起关键作用。

第89页:重组修复

重组修复

第90页:四、诱导修复和应急反应

四、诱导修复和应急反应

第91页:第三节RNA指导DNA的合成反转录

第三节RNA指导DNA的合成反转录:本节要点如下。

  • 和Baltimore
  • 分别从致癌RNA病毒中发现发反转录酶

第92页:放线菌素D

放线菌素D(抑制以DNA为模板的反应,复制和转录)能抑制致癌RNA病毒的复制,可见致癌RNA病毒的复制过程必然涉及DNA。Bader用嘌呤霉素(puromycin)来抑制静止细胞蛋白质的合成,发现这种细胞仍能感染劳氏肉瘤病毒(RSV),证实反转录酶是由反转录病毒带入细胞的。

第93页:一、反转录酶由一个α亚基和一个β亚基组成

一、反转录酶由一个α亚基和一个β亚基组成,含有Zn2+,具有三种酶活力。A.RNA指导DNA合成B.DNA指导DNA合成C.RNaseH酶活力水解RNA-DNA杂种分子中的RNA,可沿3’→5’和5’→3’两个方向起外切酶作用

第94页:以自身病毒类型的RNA为模板时

以自身病毒类型的RNA为模板时,该酶反转录酶的活力最大,但是带有适当引物的任何种类的RNA,都能作为合成DNA的模板。引物:RNA或DNA底物:dNTP二价阳离子:Mg2+真核mRNA3’端有poly A,加入Oligo dT后,成为反转录酶的模板,可合成cDNA。

第95页:反转录病毒

反转录病毒

第96页:二、病毒RNA的反转录反转录病毒

二、病毒RNA的反转录反转录病毒:本节要点如下。

  • ①以病毒(+)RNA为模板,合成互补的(-)DNA。
  • ②切除RNA-DNA杂种分子中的RNA。
  • ③以(-)DNA链为模板,合(+)DNA链,最后形成两端带有LTR的双链DNA。

第97页:反转录病毒的生活周期

2.反转录病毒的生活周期

第98页:三、反转录的生物学意义

三、反转录的生物学意义:本节要点如下。

  • 1.反转录病毒存在于所有致癌RNA病毒中
  • 2.艾滋病毒(AIDS)人类免疫缺陷病毒(HIV),主要感染T4淋巴细胞和B淋巴细胞。病毒粒子直径100nm,球状,粒子外包被两层脂质质膜,膜上有糖蛋白(gp120、gp41),另有两层衣壳蛋白p
  • 24、p18。HIV基因组由两条单链正链RNA组成,每个链长9.7kb,RNA5,端有帽子结构,3’端有PolyA,链上结合有反转录酶。

第99页:HIV-1

HIV-1(Human immunodeficiency virus)

第100页:乙肝病毒大蛋白、中蛋白、主蛋白

4.两种病毒的区别

第101页:第四节DNA合成技术一、cDNA合成

cDNA文库的构建cDNA
以mRNA为模板,用反转录酶合成第一链,去除mRNA,合成第二链。cDNA文库是获得真核结构基因的最好方法,成熟的mRNA无内含子。

第102页:真核mRNA的分离纯化特点:含量少

真核mRNA的分离纯化特点
含量少,不均一,表达具有发育阶段性和组织特异性。总RNA:rRNA80~85%mRNA1~5%tRNA及其它小分子RNA10~15%

第103页:不均一性在1~5%的mRNA中

不均一性在1~5%的mRNA中,有10000-30000mRNA种。分离、纯化用OligodT纤维素柱(亲和层析法),加入总RNA,高盐洗脱,先流出非mRNA。降低盐浓度,加入OligodT竞争,可洗出mRNA混合物。免疫法可分离特定的mRNA

第104页:cDNA合成A.自身引物法

②cDNA合成A.自身引物法(S1核酸酶降解法)Oligo(dT)15-18个核苷酸mRNA5’端序列有丢失

第105页:B.取代合成法(较常用)Oliyo

B.取代合成法(较常用)Oliyo(dT)与mRNA3’端AAA杂交作为引物,合成第一条DNA链。RNaseH在mRNA上产生多个切口。DNApol.Ⅰ切口平移,DNAligase连接,合成出第二条DNA链。T4DNApol.切去端头的RNA-DNA杂交链。

第106页:取代合成法

取代合成法

第107页:C.引物合成法可以合成全长cDNA

C.引物合成法可以合成全长cDNA:本节要点如下。

  • ③cDNA与载体连接
  • ④重组体的转化
  • ⑤扩增、保存

第108页:获取特定mRNA的cDNA

获取特定mRNA的cDNA:本节要点如下。

  • (1)免疫法分离特定的mRNA
  • (2)PCR法

第109页:二.PCR技术

二.PCR技术(聚合酶链式原应)PolymerasechainReaction以目的基因或DNA片段为模板,在引物介导及TaqDNA聚合酶催化下,在体外用核苷酸大量合成目的基因或DNA片段。它能快速、专一地扩增所希望得到的目的基因或DNA片段。

第110页:反应物

反应物:本节要点如下。

  • (1)模板单、双链DNA或cDNA都可以作为PCR的模板,若以RNA为起始材料,则须经反转录,获得第一条cDNA后才能用于PCR。
  • (2)TaqDNA聚合酶DNA聚合酶是进行PCR扩增的关键,从水生栖热菌(ThermusaquaticnsVT-1)分离出来。

第111页:TaqDNA聚合酶有很好的热稳定性

TaqDNA聚合酶有很好的热稳定性:本节要点如下。

  • (3)引物引物是决定PCR结果的关键,它由寡核苷酸组成,18-30个b
  • (4)核苷酸dNTP浓度50-200umul/L
  • (5)镁离子Mg2+

第112页:PCR反应过程变性:95℃复性

PCR反应过程变性
95℃复性:55℃延伸:72℃
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